По результатам выездной проверки ИФНС отказала в вычетах на сумму 12,7 млн рублей по утраченным счетам-фактурам, доначислила пени и штраф.

В подтверждение хищения счетов-фактур компания представила копии постановления о возбуждении уголовного дела и принятии его к производству, письма МВД. По ее мнению, при утрате первичной документации размер вычетов может быть установлен на основании иных (кроме счетов-фактур) документов, в частности, налоговых деклараций по НДС, выписок о движении денежных средств по расчетному счету и дополнительных листов к книгам покупок.

Суды трех инстанций (дело № А11-10636/2015) признали законным решение инспекции, указав, что на основании постановления о возбуждении уголовного дела невозможно определить, какая именно документация и за какой период была похищена. Также суды учли, что компанией не были предприняты меры по восстановлению утраченных документов.

Суды (постановление кассации Ф01-6012/2016 от 30.01.2016) пояснили, что в случае утраты счетов-фактур, документами, подтверждающими вычет, могут быть в совокупности копии счетов-фактур и иных документов, подтверждающих сумму уплаченного НДС. Представленные данные по расчетному счету (при отсутствии первичных документов) не могут являться основанием для применения налоговых вычетов.