В письме от 11.08.16 № 03-07-11/46925 Минфин ответил на вопрос о раздельном учете входящего НДС по общехозяйственным расходам.

Суммы НДС по приобретенным товарам (работам и т.д), используемым как для облагаемых, так и для освобожденных от НДС операций, принимаются к вычету и учитываются в стоимости в пропорции, в которой приобретенное используется для производства и (или) реализации ТРУ, операции по реализации которых подлежат налогообложению или освобождены от налогообложения, в порядке, установленном принятой налогоплательщиком учетной политикой для целей налогообложения.

Пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения), в общем объеме реализации за налоговый период.

Суммы НДС в указанном случае учитываются в стоимости товаров (работ, услуг) в доле, приходящейся на операции, освобождаемые от налогообложения, рассчитанной в вышеуказанном порядке.

Источник: Audit-it.ru