В письме от 04.05.16 № 03-04-05/25690 Минфин напомнил, что положения об имущественном вычете при продаже физлицами имущества не применяются в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности (в редакции, действующей с 2014 года).

Аналогичная норма в предыдущей редакции предусматривала невозможность применения вычета к доходам, получаемым ИП от продажи имущества в связи с осуществлением ими предпринимательской деятельности.

Исходя из изложенного по правоотношениям, возникшим до 2014 года, налогоплательщик имеет право на получение имущественного вычета при продаже недвижимости в случае, если она не использовалась им в предпринимательской деятельности. Если нежилое помещение использовалось в предпринимательской деятельности (сдавалось в аренду), то его реализация, по мнению ведомства, относится к продаже имущества в связи с осуществлением предпринимательской деятельности.

Вместе с тем, если физлицом к моменту продажи помещения, которое непосредственно использовались в предпринимательской деятельности, деятельность в качестве ИП прекращена, то доходы, полученные от продажи такого помещения, подлежат обложению НДФЛ в общеустановленном порядке. При этом имущественный вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 НК, не предоставляется.

Источник: Audit-it.ru